C’est la désertion de l’éperlan arc-en-ciel de la rivière Boyer qui a fait prendre conscience aux habitants du bassin versant de l’importance de préserver la qualité de leur rivière.
L’éperlan avait pour habitude de se reproduire dans plusieurs frayères, dont celle de la Boyer. Une combinaison de facteurs est à l’origine de son déclin : les parasites, la surpêche en période de fraye ou encore les modifications physiques apportées à son habitat, comme un changement des conditions d’écoulement (construction d’un pont), ou l’apport d’éléments nutritifs en trop grande quantité (d’après Pêches et Océans Canada, 1990). La pêche à l’éperlan a ainsi été interdite dans la rivière Boyer en 1977. Au niveau du sud de l’estuaire du Saint-Laurent (où est localisée l’espèce), l’éperlan est passé du statut d’abondant en 1945 à celui d’espèce vulnérable au Québec en mars 2005.
C’est suite à ce constat alarmant que des activités de restauration de la rivière Boyer ont été mené par le ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, et par le ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec. Cela a conduit certains organismes, notamment l’Union des Producteurs Agricoles et le Ministère de l’Environnement du Québec, à demander la création d’un groupe d’intervention pour la préservation de la Boyer.
C’est ainsi qu’un premier organisme pour restaurer la rivière Boyer a vu le jour en 1990, sous le nom de « Comité Multipartite pour la Restauration de la rivière Boyer ».
Ce comité regroupait des représentants du monde agricole, des municipalités et des MRC du bassin versant, le ministère de l’Environnement et de la Faune, ainsi que des organismes du milieu. Le comité avait une approche tout à fait novatrice, dans le sens où elle prônait déjà une gestion intégrée des ressources en eau à l’échelle du bassin versant. La perte de l’éperlan dans la rivière ne constituait en effet que la partie visible de l’iceberg : elle révélait une problématique de plus vaste envergure, à savoir la perturbation de tout l’écosystème de la rivière, de sa source jusqu’à son embouchure. Il fallait essayer de comprendre quelles étaient les pressions exercées aussi bien à l’amont qu’à l’aval du bassin versant, et d’essayer d’y remédier.